給与として扱われます。

出向先法人の給与水準が低いために出向元法人が出向者の給与の較差補てんのために支出する金額は、出向元法人で出向者に対する給与として扱われ損金の額に算入されます。
この扱いは、その補てん金を出向者に直接支給しても、出向先法人に支出しても同様に取り扱われます。

支給時の所得税の源泉徴収については、出向元から直接出向者へ支払う場合は、乙欄での源泉徴収が必要となります。　(出向者は出向先へ扶養控除申告書を提出しているため)
出向先を通じて出向者へ支払う場合は、出向元が源泉徴収をする必要はありません。

また、給与として出向元法人の損金の額に算入されるということですので、その較差補てん金は賞与引当金及び退職給与引当金の繰入限度額の計算の基礎となります。