支出した額は損金の額に算入されます。

次の(1)(2)を満たす場合はその損害賠償金は損金の額に算入されます。
どちらか一方でも満たさない場合は、損害賠償金は役員又は使用人に対する債権となります。

(1) その行為が法人の業務の遂行に関連するものであること
(2) その行為が故意又は重過失に基づかないものであること

よって、ご質問の場合は業務遂行中であり、故意又は重過失もないということであれば、損金の額に算入されるということになります。